Gioiello indiscusso della città di Padova e di tutto lo Stivale, la cappella fu fatta costruire e affrescare nel 1305 da Enrico Scrovegni, ricchissimo banchiere padovano. Lo Scrovegni, acquistata l'intera area dell'antica arena romana, vi aveva eretto un sontuoso palazzo, di cui la cappella era l'oratorio privato (e il futuro mausoleo familiare): la fece affrescare nientemeno che da Giotto.

Il 16 marzo del 1305 la cappella veniva consacrata e fu dedicata alla "Vergine della Carità", tema caro alla confraternita dei Frati Gaudenti di cui faceva parte Enrico degli Scrovegni: essi infatti si dedicavano a combattere l’usura e siccome il padre di Enrico era stato collocato da Dante nell’Inferno proprio tra gli usurai la grande spesa effettuata per costruire e decorare la cappella permetteva di lavare il peccato di aver accumulato denari con transazioni bancarie, senza la fatica del lavoro. Intanto gli Eramitani di un convento li vicino cominciarono a protestare per via del fatto che la cappella si stava trasformando da oratorio in una vera e propria chiesa con campanile e forme ritenute, all'epoca, eccessivamente visibili (non sappiamo se la chiesa fu quindi ridimensionata con l'abbattimento della monumentale parte absidale con ampio transetto documentata nel "modellino" dipinto da Giotto nell'affresco in controfacciata).

La municipalità di Padova la acquistò nel 1880 restaurandola in più volte. Oggi l'esterno si presenta con mattoni a vista e tetto a due falde, mentre dentro è a navata unica, coperta da volta a botte e con pareti lisce, senza nervature (perfette per la stesura di affreschi). Sul lato dell'altare si trova un coretto, affrescato più tardi, verso il 1315-1325, da un giottesco locale, il cosiddetto "Maestro del coro Scrovegni" (con Episodi della vita di Maria Vergine). La lunetta sopra il tabernacolo mostra il Redentore, l'Orazione nel Gestemani e la Flagellazione, della mano dello stesso maestro.

Una Madonna col Bambino in una nicchia è attribuita a Giusto de’ Menabuoi e riferita alla seconda metà del Trecento. Sull'altare della cappella si ergono le tre statue rappresentanti la Madonna col Bambino e due angeli, opera insigne di Giovanni Pisano, lo scultore più celebre della sua epoca, chiamato da Enrico Scrovegni stesso.